政府機関への提出書類に記載が必要となるので、どのタイミングから記載しなければいけないのかが通知されています。
税務関係、労働保険関係が先行します。
経産省HP 中小企業におけるマイナンバー法の実務対応 参照
対従業員
税務
源泉徴収票等の法定調書に、従業員の個人番号を記載
2016年分の調書から（年末調整は2017年1月に提出する源泉徴収票から）
社会保険
健康保険組合や年金事務所、ハローワーク等への提出書類にも、従業員等の個人番号が必要
雇用保険は2016年1月から、健康保険・厚生年金保険は2017年1月から
対取引先
支払調書に、個人番号・法人番号を記載
報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書、不動産使用料等の支払調書等
支払ごとに発行する場合には、2016年1月から
対株主・出資者等
支払調書に、個人番号・法人番号を記載
配当、剰余金の分配及び基金利息の支払調書
氏名・住所を告知（みなし告知）している既存の株主・出資者につき、2016年1月1日から3年間の経過措置あり
対顧客
金融機関のみ
対従業員等のスケジュール
経産省HP 中小企業におけるマイナンバー法の実務対応 参照
平成28年の扶養控除等（異動）申告書の作成が、まずは最初の収集作業となります。
本人のみならず、配偶者・扶養親族のマイナンバーの収集も必要となります。
取引先に関して、個人事業主については随時収集作業が必要となります。