また例のwindows10のアップデートに伴い発生した事象でした。
解消方法
平成28年10月19日 申請用総合ソフトにおいて電子署名ができない事象の解消方法について
またマイクロソフトのホームページに行って、.Reg ファイルをダウンロードしました。
MS16-035 をインストールすると、SignedXml クラスにてデタッチ シグネチャを利用した処理が失敗します
画面を下に進むと以下の記載があります。
.Reg ファイルがダウンロードできます
この問題を解決するには、適切なリンクをクリックし、ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてレジストリの変更を有効にします。
SignedXml-ExternalReferences.reg (32-bit システム上の 32-bit プロセスおよび 64-bit システム上の 64-bit プロセス)
SignedXml-ExternalReferences.Wow6432.reg (64-bit システム上の 32-bit プロセス)
↑ 使用しているシステムに応じて、どちらかをダウンロードして実行
再起動したら、電子署名ができました。
また、同じような事象が半年後ぐらいに起きるのでしょうか。