国土交通省から各自治体に対して、「特区民泊の認可条件として分譲マンションにおいては管理規約の変更が必要」との通達は保留されたようです（平成28年2月6日現在）。
国家戦略特区ワーキンググループからの意見要旨
１、「民泊は一般的な管理規約（『専ら住宅として使用』条項）に抵触する」との趣旨の報道が一部なされているが、政府がこうした内容の通達を発出した事実はない。
２．従来は、一月未満の借家契約（民泊）は、旅館業法の規制対象（旅館等としての許可を受けない限り禁止）と扱われていたが、特区では、一定の要件を満たす民泊（特区民泊）は旅館業法の適用除外になった。
３、適用除外により合法的に事業を行えることとはなったが、各分譲マンションの住民たちが棟内での民泊を禁止することはできる。
４、特区民泊は、近隣住民への周知、苦情相談窓口の設置、ゴミ出し・騒音などに係る利用者への徹底などを求め、自治体が賃家事業者に対して個別に認定を行う制度である。事業者の認定を取り消すことも出来る。一部で先行しているグレーな民泊とは異なり、制度上、住民の平穏な生活を害することを防ぐ配慮がなされている。
各分譲マンションにおいて、管理規約改正等を検討される際には、こうした制度内容も踏まえて検討がなされることを推奨する。（例えば、規約改正により、民泊一般は禁止する場合でも、特区民泊は認めるといったことが考えられる。）
以上より、政府内においてもまだ方針が固まっていないようですが、民泊を禁止したいのであれば、管理規約の改正を実施することになります。
管理規約の変更を放置していると、徐々に民泊物件が増加していく可能性があります。
市場としてはかなり大きくなる可能性もあるので、民泊事業者を一括管理する団体（社団法人）ができ、その団体がどの省庁の傘下に入るかが確定するまでは、まだまだ認可要件も流動的になりそうです。